1919 trat der Sohn Xaver jun. als Lehrling in das Unternehmen ein. In der Folge fanden mit Ruedi und Hermann weitere Söhne den Weg ins Familienunternehmen. Die gute Auftragslage erlaubte den Bau einer eigenen Werkstatt. Xaver Stöckli beauftragte seinen Sohn Arnold, der Architektur studierte, mit dem Neubau an der Tottikonstrasse 5. 1939 übernahmen die Söhne Xaver, Ruedi und Hermann das väterliche Unternehmen. Der Ausbruch des Zweiten Weltkriegs veränderte das Leben der drei Brüder schlagartig, denn sie wurden zum Militärdienst einberufen. Die Auftragslage brach massiv ein, deshalb mussten vermehrt Baumalerarbeiten angenommen werden, und Teile der neu gebauten Werkstatt wurden untervermietet. Vater Xaver hielt das Familienunternehmen während der Kriegszeit so gut es ging über Wasser – er verstarb ein Jahr nach Kriegsende. 

In den folgenden Jahrzehnten verlagerte sich die Tätigkeit immer stärker weg von der Kirchenmalerei und hin zur Restaurierung. 1955 trat mit Hermann jun. der erste Vertreter der dritten Generation ins Familienunternehmen ein. 

Unter der Führung der Brüder Hermann jun., Peter und Klaus sowie ihrem Cousin Ruedi Stöckli veränderte sich die Firmenstruktur; aus der einstigen Stöckli und Söhne GmbH wurde 1969 eine Aktiengesellschaft. 

Mitte des 20. Jahrhunderts wurde in Europa diskutiert, wie mit Kriegsschäden an Kulturgut umzugehen sei. Die Auseinandersetzung mit dem Denkmalwert und der Bedeutung des Originals führte zu neuen Grundsätzen und Ideen in der Restaurierung. Diese wurden 1964 in der UNESCO Charta von Venedig über Konservierung und Restaurierung von Denkmälern festgehalten. Die dritte Generation nahm die neuen Ideen, Ansätze und Methoden sowie die Verschmelzung von Handwerk und Wissenschaft auf und bildete sich kontinuierlich weiter. Die Infrastruktur und die Ausrichtung des Betriebs wurden erfolgreich der neuen Ausrichtung angepasst, und die Firma wuchs in der Folge stetig. Im Verlaufe der 1980er-Jahre nahm die Nachfrage nach Bestandesaufnahmen, Gutachten und Restaurierungskonzepten zu. 1985 wurden die ersten Absolventen der höheren Fachklasse für Konservierung und Restaurierung Bern eingestellt. 

Ab 1988 traten verschiedene Mitglieder der vierten Stöckli-Generation nach Abschluss ihrer Berufslehren in das Familienunternehmen ein. Mitte der 1990er-Jahre wurden mit Wendel Odermatt und Wendelin Abegg zwei langjährige Mitarbeitende Teil der Geschäftsleitung. Anfang des 21. Jahrhunderts konnte die Stöckli AG unter der Leitung von Wendel Odermatt und Klaus Stöckli ihr Tätigkeitsfeld mit ersten Aufträgen im Bereich der restauratorischen Bauuntersuchung und Bauberatung weiter ausbauen. Von 2017 bis 2022 lag die Geschäftsleitung und Geschäftsverantwortung bei Wendel Odermatt.